4.19혁명 이후 정치.사회의 혼란을 틈타 군내의 [1]정군운동으로 정치지향적 군인이 조직화되어 세력을 넓혀나갔다.
1961년 5월 16일에 [2]박정희 소장을 비롯한 대한민국 육군 장교들이 군사정변(쿠데타)을 일으켜 정권을 장악한 후 군사혁명위원회를 구성하고 입법.사법.행정의 3권을 완전히 장악하여 국회를 해산하였다. 
5월 19일 군사혁명위원회를 국가재건최고회의라 개명하고 5월 20일 혁명내각을 발표함으로써 군인들이 통치하는 군사정권을 수립하였다.

[4]장면총리는 혜화동의 갈멜수녀원으로 몸을 피신하였다. 이후 내각 총사퇴를 결의함으로써 군사혁명위원회에 정부를 이양하였다. 
[5]윤보선 대통령은 국군 통수권자이며 국가원수임에도 불구하고 정통성을 지닌 합법 정부를 수호하지 않았다. 접견실에서 박정희, [3]장도영등 쿠데타 세력들을 만난 윤보선 대통령은 '올 것이 왔다'라는 말을 남겼다고 한다.

1963년 10월 15일 제5대 대통령 선거에서 박정희가 대통령에 선출되었고 그해 12월 17일 제3공화국이 정식 출범하였다.

[1] 정군운동 : 1960년 4.19혁명 직후 군내부에서 부정부패 및 과거사 청을 빌미로 상급 장교들의 퇴진을 요구하는 운동 
[2] 박정희(1917년~1979년) : 대한민국 제5.6.7.8.9대 대통령
[3] 장도영(1923년~2012년) : 장면내각의 두 번째 육군 참모총장. 5.16군사정변 직후 초대 국가재건최고회의 의장
[4] 장면(1899년~1966년) : 대한민국 7대 국무총리(1960년 8월 19일~1961년5월18일), 제4대 부통령(1956년 8월15일~1960년 4월25일) 등을 역임
[5] 윤보선(1897년~1990년) : 대한민국의 제4대 대통령(1960년 8월 13일~1962년 3월 24일). 5.16군사정변으로 대통령직을 유지하다가 1962년 3월 22일에 하야하였다